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寺内最古の建物。美しい内陣に運慶作の本尊弥勒仏坐像を安置。承元4年（1210年）に再建された。
正面7間，側面5間，入母屋造，天平時代の建築。内部は天井をはらず化粧屋根裏を見せた簡素な造りで，床は瓦敷とし，周囲1間は外陣とする。内陣の中央には白漆喰で円形の須弥壇を設け，壇上に本尊薬師如来坐像と十二神将立像を安置している。
切妻造り・本瓦葺きの細長い建物で、もとは元興寺東室南階僧坊の一部であったところを、鎌倉時代に改造したもの。内部は畳敷と連子窓を設けた造りに奈良時代の僧坊の特徴を残している。
奈良町の伝統的な町家を再現し奈良の町家の生活様式にふれることができる。
境内唯一の重層建築で金堂と講堂の間に建てられている。入母屋造り本瓦葺。鎌倉時代の建築物。舎利殿ともよばれる。
寛元2年（1244年）の棟札が残っており、鎌倉時代に再建されたものであることを伝えている。柱と柱の間隔がまん中から端にゆくにしたがって狭くなる造りで、この柱と白壁のバランスとともに、「行基葺」という屋根瓦のふき方が非常に美しいラインを見せている。
正面裳階上に観相窓があり，大晦日と万燈供養会時に扉があき，中門から大仏さまの顔が拝める。現在の大仏さまは高さ16m余，顔の長さ5m弱，目の長さ2m弱と大きいが、大仏さまも大仏殿もこれでも創建時より小さいという。
市街の北はずれ，佐保川のほとりにある。
寄棟造りの優しい姿のお堂。室町時代の復古建築。昭和12年の解体修理で本尊台座下から飛鳥山田寺の仏頭がでてきた。
志賀直哉自身が設計し、昭和4年（1929年）から9年間家族と暮らした邸宅。有名な「暗夜行路」はここで完成された。